Het kerkorgel van Arp Schnitger dateert uit 1702 en staat sinds 1815 in de Der Aakerk, maar het heeft minstens drie voorgangers gehad. Uit archiefstukken blijkt dat de kerk al in 1475 een orgel had en dat in 1558 met de orgelbouwer Andreas de Mare een contract werd gesloten ter vernieuwing van het instrument. Meer is hierover niet bekend, ook niet of het in beide gevallen om hetzelfde orgel ging. Het is niet onmogelijk dat Theodorus Faber, die in 1654 de opdracht kreeg een nieuw orgel te vervaardigen, delen van het oude instrument verwerkt heeft in het (niet meer bestaande) orgel dat hij in 1658 bouwde voor de Hervormde kerk in Coevorden.

Faber-Hagerbeerorgel

De keus viel op Faber omdat de kerkvoogdij onder de indruk was van het (nu nog steeds bestaande) orgel dat deze autodidact gebouwd had voor de Jacobuskerk te Zeerijp. Toen hij in 1659 stierf was zijn orgel nog niet klaar, waarna de gerenommeerde Amsterdamse orgelbouwer J.G. van Hagerbeer het instrument voltooide. Het werd ingewijd in 1667, maar heeft slechts vier jaren kunnen functioneren. Op 1 mei 1671 ging het verloren toen de kerktoren door blikseminslag in brand vloog en op het orgel belandde.

Eerste Schnitgerorgel

Het was vervolgens Arp Schnitger die in 1697 een nieuw orgel opleverde, zijn grootste in de Nederlanden, maar ook dit heeft niet lang bestaan. Bij de instorting van de toren in 1710 ging het verloren.

Tweede Schnitgerorgel

Nadat de kerk het honderd jaar zonder orgel had gedaan, gaf koning Willem I in 1814 toestemming om een ander Schnitgerorgel, het exemplaar uit 1702 uit de Broerkerk, over te plaatsen. Dit gebeurde in 1815 door J.W. Timpe, die het moest aanpassen aan de situatie in de Der Aa-kerk. Timpe heeft in 1830 opnieuw aanpassingen verricht: hij verving het borstwerk door een nieuw bovenwerk. In 1857 kreeg P. van Oeckelen de opdracht het orgel drastisch te verbouwen, waardoor het hoofdwerk van negen naar dertien registers werd uitgebreid.

Op 14 oktober 2011 is het orgel, na een jarenlange restauratie, weer in gebruik genomen. Het is, net als de kerk, een Rijksmonument.

Transeptorgel

Naast het Schnitgerorgel heeft de Der Aa-kerk nog het (niet werkende) orgel uit 1539. Het is, mogelijk door Raphaël Rodensteen, gebouwd voor de Martinikerk in Bolsward en werd in 1635 verplaatst naar de Broerekerk aldaar. Na diverse veranderingen en omzwervingen kwam het in de Groninger Martinikerk terecht. Toen de Der Aa-kerk gerestaureerd werd, ontdekte men bevestigingsgaten voor een orgel in het zuidertransept. Daar moest dus een klein orgel hebben gehangen. Men ging toen op zoek naar een passend instrument en sinds 1991 hangt het in de Der Aa-kerk. Voorlopig is het een lege orgelkas zonder binnenwerk, maar er zijn plannen om het orgel te reconstrueren.